Dalam melaksanakan tugas pokok dan fungsinya, organisasi dan tata kerja BBPP Ketindan telah mengalami penyempurnaan dari Permentan No: 103/Permentan/OT.140/10/2013 tanggal 9 Oktober 2013 menjadi Permentan Nomor: 45 Tahun 2020 tanggal 23 Desember 2020. Konsekuensi dari penyempurnaan tersebut merupakan pengejahwantahan transformasi birokrasi melalui penyederhanaan jabatan struktural sekaligus struktur organisasi yaitu dengan beralihnya jabatan struktural eselon 3 dan 4 menjadi pejabat fungsional tertentu.